SBC ceRNA芯片

环状RNA（circRNA）在真核生物中广泛存在的发现使转录家族又增加了重要一员，lncRNA研究也正如火如荼，复杂的转录、转录调控网络研究如何走捷径？SBC  ceRNA芯片是一个“全转录组+”产品，不仅同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA和编码蛋白的mRNA,并同时获得circRNA、lncRNA功能预测结果，为进一步功能研究提供参考。circRNA、lncRNA作为竞争性内源RNA（ceRNA），竞争性结合miRNA，从而调控miRNA靶基因的表达,这样的作用方式广泛存在， ceRNA芯片也同样是ceRNA研究的不二之选。

基因芯片作为一个成熟的技术平台，二十几年来被广泛用于基因表达谱的检测。对于lncRNA、circRNA基因表达谱检测，基因芯片比RNA测序有许多重要且不可替代的优势：

· 芯片利用寡核苷酸探针与目的基因碱基互补杂交、扫描获得的荧光信号来检测表达丰度。与RNA测序相比，芯片检测的准确性受低丰度转录本的影响更小，更适合检测整体表达丰度低的lncRNA、circRNA。由于提高测序深度会增加加工不完全RNA的检出机率，提高测序深度可能引起可靠性的下降。

· lncRNA不具有蛋白的翻译起止位置，RNA测序对lncRNA转录本鉴定的可靠性要低于mRNA。而芯片探针较短可以进行特异性设计，检测更特异。

· circRNA具有特殊的环状结构，但其线性序列和线性基因难以区分，需要单独的去线性建库才能利用RNA测序来检测circRNA，不能同时检测多种RNA。

SBC是国内最早从事基因芯片研发，也是最早的基因芯片外包服务商之一。SBC根据多年基因芯片开发、设计及对外服务经验，结合lncRNA、circRNA分子特点，专门针对非编码RNA研究设计了可同时检测circRNA、lncRNA等非编码RNA 和mRNA的芯片产品以满足科学家的研究需求。芯片委托Agilent公司使用Agilent SurePrint技术生产，技术重复性高于99%。

芯片设计策略：

设计收录了circBase数据库的circRNA信息，并针对circRNA反向剪接位点设计特异性circRNA探针。

LncRNA同样收录自最新数据库和高质量文献报道，去除冗余，并通过严格的生物信息学方法剔除lncRNA片段及不可靠的lncRNA。通过CAGE-seq，RNA-seq数据鉴定具有高可信度5’TSS及在多种组织或细胞中的表达量的lncRNA，HGNC收录及lncRNAdb 收集的实验验证功能性的lncRNA作为高可信度lncRNA。

基于earray软件设计探针，并利用SBC自有分析流程对探针进行double-check，保证探针高特异性区分mRNA、 circRNA和lncRNA。

Human ceRNA芯片设计流程图

探针设计策略

芯片特点：

· 一箭三雕 - 可同时检测circRNA、lncRNA和mRNA 

· circRNA探针设计在反向剪接位点，特异性强

· 技术成熟、灵敏度高：芯片比测序更适合检测表达量低的lncRNA、circRNA

· 实验周期短，数据分析方法成熟、快速

· 收录lncRNA、circRNA全面、可靠，并及时更新

· 功能机制预测，为深入研究circRNA、lncRNA生物学功能提供参考，包括：

高保守lncRNA；lncRNA结合蛋白预测；lncRNA生物学功能预测；lncRNA亚细胞定位；疾病相关lncRNA预测；super enhancer lncRNA；enhancer lncRNA；疾病相关circRNA预测。

芯片技术参数： 

样本要求：RNA≥200 ng ；  物种：人、小鼠