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【蛋白质谱】LCM+4D: 深度空间蛋白质组
SBC提供了深度空间蛋白质组技术,可进行高灵敏度的空间非靶向蛋白质组检测。该技术使用激光捕获显微切割技术(LCM)将组织切片(冷冻切片、FFPE)中的目标区域进行切割捕获,然后提取蛋白质,用4D质谱技术(timsTOF Pro)进行蛋白质组检测。
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4D Trace Sample dDIA
基于质谱(MS)的蛋白质组学已经成为全球范围内测量生物系统中蛋白质分子的主要工具之一。可以从复杂的蛋白质组中识别和定量数千个蛋白质。在2020年12月,Nature Methods上发表了“diaPASEF: parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independentᅠacquisition”一文,把蛋白质组学的研究推入了4D时代。文章中提到的timsTOF Pro 4D质谱技术通过分析分子量和离子淌度的相关性,搭配最新的DIA数据采集模式,不仅覆盖了选择窗口中整个质荷比范围,还提高了识别入射离子的分辨率,从而可以鉴定到更多的蛋白质种类,也更加具有微量样本检测优势。这为科研用户对极难获得的珍贵样本进行研究提供了保证。timsTOFᅠPro质谱仪稳定性高、对于修饰肽段的鉴定可靠性增加的特点,也使科研用户们可以用此质谱仪应对更广泛的科学研究问题。
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PRM 绝对定量蛋白质组
PRM(平行反应监测,Parallel Reaction Monitoring),是目前靶向蛋白组学检测和验证定量蛋白质组结果的主流方法,是一种基于高分辨率,高精度质谱的靶向蛋白质组学技术,能够对目标蛋白质/肽段进行选择性检测,从而实现目标蛋白质/肽段的相对/绝对定量,可用于验证定量蛋白质组学结果。利用四级杆质量分析器的选择检测能力,首先在一级质谱中选择性地检测目标肽段的母离子信息,然后选择的母离子进行碎裂,最后在二级质谱中检测所选择的母离子窗口内所有碎片的信息,从而对特定蛋白实现精准定量。
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4D-DIA相对定量蛋白质组
DIA(data-independent acquisition),即数据非依赖采集技术,是近年来发展起来的一种新的质谱技术,隶属于非标记蛋白组学范畴。传统的质谱检测技术都是使用数据依赖采集模式(data-dependent acquisition,DDA)来采集蛋白质谱数据,该模式需要从一级肽段中选择特定数量的肽段分子进行下游检测分析,而DIA通过在时间梯度上设置一定范围的质荷比窗口,对窗口下所有的肽段分子进行检测。该模式不涉及对肽段的限制性筛选,因此具有更好的定量准确性、覆盖度和重现性,适用于大规模样本的高度覆盖、稳定和可追溯地分析。
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4D-Label free 相对定量蛋白质组
非标记(Labelᅠfree)蛋白定量,是通过比较质谱分析次数或质谱峰强度,分析不同样品蛋白的数量变化,通过适当的数学公式可以将质谱检测计数与蛋白质的量联系起来,从而对蛋白质进行定量。该技术不需要对样品进行任何标记,每个样品可单独上机,样品蛋白直接酶解后经过质谱分析产生数据,通过软件分析后即可确定蛋白质在样品中表达量的变化情况。
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