生物数据工具箱：从入门到精通的数据库攻略（九）-ACT数据库介绍
ACT（Annotation of Cell Types）数据库是一个专为单细胞转录组数据“细胞类型注释”环节设计的在线一站式工具，由哈尔滨医科大学肖云课题组建立。该课题组手工整理了约 7000 篇文献中的 26000 多个细胞marker，构建出层次化的标记图谱。结合自开发的WISE（加权整合基因集富集）算法，将经典marker的普遍性与特定细胞类型的有序差异表达基因整合到该图谱中，完成细胞注释工作。
图1 ACT数据库概述
打开ACT官网，进入数据库主页（图2）。该数据库的细胞注释与细胞marker下载功能实用性高，现对二者的操作方法进行介绍。
ACT官网：http://biocc.hrbmu.edu.cn/ACT/
图2 ACT 数据库主页
一. 细胞注释
在ACT主页进行如下操作：
1）输入物种和组织类型：细胞注释需要先选择物种和组织信息。
2）上传cluster高表达基因：将本地已计算好的每个细胞cluster高表达基因topN上传，上传格式参考如下：
3）GSEA注释：若勾“GSEA”，则同时执行 WISE+GSEA进行细胞注释。
4）查看历史注释结果：点击“Submit”后系统分配唯一ID，后续可在JobID Search中输入ID查看历史结果。
细胞注释结果如下（图3）
图3 ACT细胞注释结果页面
1）注释工作信息：显示本次注释工作的ID、样品和组织类型、是否选择GSEA。
2）注释结果选择：可选择每个cluster可能性最高的细胞类型，或可能性最高的前10个细胞类型。
3）下载注释结果：点击下载图标，下载本次注释结果。
4）注释结果详情：详细展示每个cluster的注释结果。以cluster1为例，列出细胞本体谱系图（Cell Ontology）、细胞类型（Cell Type）、显著性评分（Padj）、输入上调基因与细胞型marker基因交集数量（Overlap Markers）。尾部热图的颜色标示交集性质：红色是经典marker基因；绿色是细胞型特异的差异表达基因；紫色为上述两者皆是。
二. 细胞marker下载
在ACT主页右上方选择“Download”进入下载页面（图4），此处可下载数据库作者收集的各种组织的细胞marker信息，操作方式如下：
图4 ACT细胞marker下载页面
1）选择物种：下载页面左侧为人各组织marker下载界面，右侧为小鼠。
2）输入感兴趣组织类型：在“Search”搜索框中输入感兴趣的组织名称，下方将与之相关的结果筛选出来。
3）下载细胞marker：在筛选结果中点击右侧的“txt”下载图标，即可下载目标组织类型的细胞marker信息，下载到的文件（图5）包含物种、组织类型、细胞类型、细胞类型marker和marker来源文献（PMID号）。
图5 ACT细胞marker下载结果
本期我们介绍了ACT数据库的细胞注释和细胞marker下载功能，为大家的细胞注释分析提供了便利的工具。我们后续也将持续推出更多生物学数据库的介绍，如果您有特别想了解的数据库，欢迎在评论区留言告诉我们！
