生物数据工具箱：从入门到精通的数据库攻略（五）-ImmPort数据库下载教程

ImmPort（Immunology Database and Analysis Portal）是由美国国立卫生研究院（NIH）、过敏与传染病研究所（NIAID）及过敏免疫移植部（DAIT）联合开发的免疫学数据平台。该平台开放共享，为全球研究者提供免疫学数据的标准化归档与开放访问。（网址：https://www.immport.org/home）

ImmPort数据库分为四大应用模块：

1 Private Data：研究者可上传、管理私有数据（如未发表的实验数据），控制访问权限。

2 Shared Data：包含大量免疫研究项目及样品的临床与检测数据，可下载并使用。这个模块是今天介绍的重点。

3 Data Analysis：提供图形化界面与开源工具进行数据分析。

4 Resources：ImmPort的综合资源中心，旨在为研究者提供标准化工具、参考数据集及分析指南，支持免疫学数据的深度挖掘与跨研究整合，助力免疫组学研究。这个模块里整理出很多免疫学领域有价值的信息，下一期会详细介绍这个模块。

ImmPort数据库Shared Data模块使用方法

打开ImmPort官网并选择Shared Data模块，或者直接访问网址https://www.immport.org/shared/home，便会看到如下界面（图1）。界面中位于上方的搜索框中可输入关键词或研究项目编号（SDY编号）进行数据集搜索。此外，也可以通过下方的Data Summary、Matrix Summary和Bubble Summary筛选出相关的数据集。

图1. ImmPort Shared Data首页

我们输入“breast”进行搜索，进入搜索结果页面（图2）。ImmPort提供了多种方式对搜索结果进行筛选并提供了操作教程（图3）。搜索结果包含Studies和Subjects两部分。Studies是研究项目，包含许多样品的数据。而Subjects是Studies中包含的各样品信息。搜索结果以列表形式呈现。列表中各title含义如下：

1）Study：研究项目编号

2）Title：研究项目名称

3）Pubmed Id：研究项目来源于哪篇已发表文献

4）Research Focus：研究方向

5）Condition/Disease：状态或疾病类型

6）Assay Methods：实验检测方法，括号里是检测数量

7）Latest Release Version：研究项目的最新版本号（DR编号，编号数字越大版本越新）。ImmPort数据库允许上传者对上传的数据集进行更新（如新增样本、修正错误、补充元数据），更新后版本号会迭代更新。在论文或分析中引用数据集时，必须注明版本号，以便他人复现结果（如：使用ImmPort SDY1597, DR34版本数据”）

8）Program Name：研究项目所属的大型科研计划或资助项目的名称

图2. ImmPort Shared Data搜索结果

图3. ImmPort Shared Data搜索结果筛选教程

打开SDY1597进入该研究项目详情页，可以看到该研究项目的详细信息（图4）。打开右上角的“Study Package（Web）”可进入数据下载页面（图5）。ImmPort数据库下载数据需要账号登陆并使用Aspera进行数据传输。如果没有登陆账号或缺少数据传输必要的扩展插件和Connect软件的话，网站会跳转到登陆界面或插件与软件下载提示窗口。