生物数据工具箱：从入门到精通的数据库攻略（三）-SCP数据库下载教程

Single Cell Portal数据库（SCP，网址：https://singlecell.broadinstitute.org/single_cell）是由美国布罗德研究所开发的开源单细胞组学数据库，旨在通过整合海量数据、提供在线分析工具和可视化功能，降低单细胞研究的门槛并加速科学发现。其核心功能如下：

1.数据存储与检索：截至目前，SCP收录了832项研究，涵盖超过5700万个细胞的单细胞转录组、空间转录组等多模态数据，支持按研究项目、基因、物种、组织或疾病分类检索。

2.交互式可视化与分析：SCP的特色之处，该数据库提供高颜值图表，包括UMAP/t-SNE散点图、箱线图、热图、相关性分析图等，支持动态调整参数（如聚类方式、颜色映射）。

3.数据共享与下载：研究者可设置数据为公开或私有，便于团队协作。SCP开放基因表达矩阵、细胞注释文件、元数据等，部分研究还提供原始测序文件（如FASTQ格式）。

SCP数据库使用方法

我们首先打开SCP官网，便会看到如下界面（图1）：

图1. SCP数据库首页界面

SCP提供了两种搜索策略，一种是输入关键词或数据集在数据库中的ID来搜索相关的数据集（Search studies），SCP还允许用户根据组织、物种、疾病、细胞类型、性别、年龄和建库方法来筛选数据集。另一种是输入目标基因，搜索和该基因相关的数据集（Search genes）。我们在Search studies模式中输入breast cancer关键词进行搜索，获得如下结果（图2）。

图2. “breast cancer”搜索结果

搜索结果中表明了数据集的各种信息，便于用户选择。需要注意的是，有的结果标签中存在其他数据库名称，如图2中标注的Human Cell Atlas，这种数据实际储存在Human Cell Atlas数据库中，访问则会跳转到该数据库。这里我们选择第二个数据集进行操作演示。数据集包含三个部分：Summary，可以了解该数据集的摘要和文献来源；Explore，可以进行交互操作；Download，可以下载数据，SCP需要登录后才能下载数据，且目前只支持谷歌账号登录（图3）。