“芯空一号” Update：Visium空转，终于可以说是单细胞空间转录组了

Visium空间转录组测序，作为第一个商业化的空间转录组检测平台，这些年来极大地促进了空间组学的发展，也助力了很多高影响因子研究成果的发表。然而，第一代产品55μm尺度，OCT冷冻样本的实验方案，还是影响了大量临床石蜡样本的检测；第二代CytAssist平台的升级，不光实现了对石蜡组织样本的拓展，也解决了样本用普通玻璃片贴片再进行运送的问题；第三代Visium HD产品的升级，再次突破了检测分辨率的局限，直接从55μm提高了到2μm分辨率。虽然从分辨率上来说，2μm的大小远小于单个细胞的直径，但是从分析角度来说，由于没有更多的方法协助，还是做不到单个细胞的分辨率。如果有人跟你说，HD就是单细胞空间转录组检测，放心，他绝对在忽悠人。

然而，要想实现HD数据单细胞空间分辨率的梦想还是要有的，这会儿还真能实现了。利用上机样本的HE染色图片，结合数据2μm尺度的分辨率，我们用最新的算法软件，实现了对HD数据进行细胞分割的想法。终于，在这个动荡混乱的时代，我们还是在艰苦奋斗中有了一点小的突破。终于，在AI智能时代来临之际，全转录组单细胞分辨率的Visium空间产品问世了。

让我们一起来看一下HD数据实现的单细胞空间转录组数据：

分析一

图A，HE染色形态图；图B，算法识别到的细胞形态图；图C，图A中红框区域识别到的分割局部图

分析二

图A，细胞分群全局图；图B，局部区域不同Cluster分布；图C，细胞注释全局图；图D，局部区域各细胞类型分布

分析三

图A，肠上皮细胞Enterocyte marker Apoa1的表达分布总图；图B，Apoa1的表达分布局部图；图C，对应图B区域的细胞注释图

尖端生命科学与生物医药创新技术服务中心（CITC）-SBC服务平台部深耕组学研究20年，无论是芯片还是测序，单细胞亦或是空间组学，经验丰富的我们与“芯空一号”，让您的生命科学研究更上一层楼。欢迎各位老师前来咨询！