UpSet图：Venn图玩出新花样

传统的韦恩图大家都不陌生，它通过简单直观的图形重叠来呈现集合交集。但随着数据量的增大和集合数量的增多，韦恩图就渐渐显得力不从心了。这时，UpSet图就能体现其优势。

01 UpSet图介绍 

UpSet图由点阵和两侧的柱形图组成，点阵中黑色点代表选择该集合，浅灰色点为不选择该集合，被选中的集合间由线连接。点阵上方及右侧的柱状图分别展示交集大小和集合大小。

UpSet图有三种模式（如下图所示），distinct模式用于求出选中集合的交集并排除未选中集合的元素，intersect模式只求交集，union模式只求并集，后两种模式不做排除。

02 UpSet图的优势

韦恩图受限于维度，图形的重叠区域相互嵌套，集合数较多时很难快速准确地判断每个交集中元素的具体情况。而UpSet图则没有这样的困扰，它能够轻松处理多个集合，哪怕是十个甚至更多，也能清晰展示集合间的复杂关系。

下方示例数据包含了六个集合，绘制出的韦恩图很难快速辨识出每个部分对应的是哪些集合的交集。

而在UpSet图中，可以清楚看出集合与交集的对应关系，并通过柱状图对集合大小进行排序，忽略没有任何元素的集合。

03 UpSet图美化 

使用UpSetR包可以绘制各式自定义UpSet图，还可以用ComplexHeatmap包添加注释。

1）按照集合个数填充颜色

2）添加行、列颜色注释

3）添加图片注释

上图在底部添加了散点图，除此以外很多其他类型的图片也可做为注释添加，如折线图、箱线图、峰峦图等。

4）绘制多个条形图

上图中三行条形图分别对应了UpSet图的三种模式，在实际应用中我们可以使用多组学数据绘制这张图，每行对应一个组学的交集大小。

别再硬磕Venn图啦！试试UpSet图吧。一键解码复杂集合关系，更多注释扩展、多组学整合，科研效率拉满～