AI时代，用DeepSeek揭开单细胞细胞类型神秘面纱
2024年刊登在nature methods上文章《 Assessing GPT-4 for cell type annotation in single-cell RNA-seq analysis 》打开了AI注释单细胞数据细胞类型的大门，文章中借助了大预言模型 GPT-4完成单细胞数据细胞类型注释，我们自主火爆全球的DeepSeek做单细胞数据的细胞注释会不会更牛？
通常情况下，拿到单细胞数据后进行细胞注释方法有两种：
①查文献，查找细胞类型的marker基因，查看在哪些细胞类型中显著高表达来判断甄别细胞类型，这种方法要求研究者需要有很强的生物学经验去寻找可靠的细胞类型marker基因。
②使用一些自动化注释工具对进行细胞类型鉴定，常用的 SingleR、celltypist、ScType等，这种方法要求研究这需要一些代码基础。
DeepSeek有着强大的背景知识库和快速响应且人性化的交互模式，可以快速准确的给单细胞数据进行细胞注释。如何使用DeepSeek进行细胞注释呢？超级简单，直接问他，告诉他你的单细胞数据组织来源和分群结果中每个类群的topn marker基因，他思考片刻就会推测出marker基因可靠的细胞类型。
我们使用文章中同样的问题来问DeepSeek看下他会给出什么样的答案：
下面是DeepSeek和GPT-4结果的对比，两者结果基本一致，这里DeepSeek加入的更加人性化的深度思考，给出判断的依据，可靠性更强，两者给出的答案需要研究者进一步的确认，才能更好的进行科学研究。
DeepSeek VS GPT-4
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