免疫检查点阻断公共数据库介绍

为了探索能预测免疫检查点阻断（ICB）反应的生物标志物谱，研究者们已经开发了多种数据库和网络平台。这些资源不仅收集了转录组数据、总生存期、活检时间点、免疫反应等信息，还整合了其他临床数据用于生存分析、肿瘤微环境中免疫细胞解卷积、差异表达基因分析等方面的研究。本文将详细介绍几个主要数据库的特点及其提供的功能和分析工具。

01 ICBAtlas

ICBAtlas是一个专注于ICB疗法的数据库，整合了来自25个公共数据库的1,515名癌症患者的数据，涉及9种癌症类型。它提供工具来分析基因表达差异、定义响应评分以衡量治疗效果，并研究肿瘤微环境中免疫细胞的浸润情况。该平台支持用户在基因、癌症类型或免疫检查点层面探索数据，帮助识别生物标志物，旨在促进个性化癌症免疫治疗的研究和改进。ICBAtlas 免费提供给研究人员使用。

（http://bioinfo.life.hust.edu.cn/ICBatlas/）

02 TIDE

TIDE分数是一种预测ICB疗法反应的计算方法，它通过分析肿瘤免疫功能障碍和排斥特征来克服免疫疗法样本量小的问题。利用来自189项人类癌症研究的33,197个非ICB治疗样本，TIDE 计算了每个基因与细胞毒性T细胞水平之间的相互作用，并采用标准化的Wald检验得分预测患者对PD-L1治疗的反应。测试表明，TIDE在黑色素瘤患者中的预测性能优于其他已知生物标志物，但其适用性目前仅限于黑色素瘤和非小细胞肺癌。TIDE网站提供公共转录组数据集的访问和支持TIDE分数的分析工具。

（http://tide.dfci.harvard.edu/）

03 ICB-Portal

ICB-Portal是一个综合平台，提供现有ICB疗法反应生物标志物的基准测试结果和详细分析，并允许研究人员在线测试自定义生物标志物以预测治疗效果。该平台基于29个转录组数据集，涵盖了5种癌症类型的超过1,400名患者的数据，评估了39个转录组生物标志物和48个评分系统的效能。

（https://ngdc.cncb.ac.cn/icb）

04 TIGER

TIGER（肿瘤免疫治疗基因表达资源）是一个整合了单细胞转录组数据和提供广泛分析模块以预测ICB疗法反应的平台。它包含了来自18个bulk转录组数据集的超过1,500个带有临床结果的肿瘤样本，以及超过210万个来自655个样本的免疫细胞单细胞测序数据，用于展示免疫细胞亚群的全貌。TIGER支持用户探索相关通路、轨迹映射及反应预测等功能。

（http://tiger.canceromics.org/）

05 IOhub

IOhub是一个交互式数据存储库，旨在利用单细胞转录组数据提供对个体细胞和亚型的深入见解，并解决现有数据库中同一癌症类型不同研究间生物标志物变异性考虑不足的问题。该平台整合了36个bulk和10个单细胞转录组数据集，涵盖14种癌症类型的1806个ICB治疗肿瘤样本，以指示对ICB疗法的免疫反应。为了辅助生物标志物发现，IOhub 提供了一个R Shiny应用程序，允许用户比较不同数据集中的生物标志物和基因分布。未来版本还将添加整体生存分析、差异表达基因及跨队列详细基准评估等功能。

（https://shiny.crc.pitt.edu/iohub/）