IF 50.3 | 单细胞+空间组学技术助力胃癌研究

文章题目：Spatiotemporal genomic profiling of intestinal metaplasia reveals clonal dynamics of gastric cancer progression

发表时间：2023.12

期刊名称：Cancer Cell

影响因子：50.3

实验平台：单细胞测序，GeoMx DSP，全外显子测序（WES），bulk RNA-sequencing

Panel：定制胃癌panel（277 genes，来源于TCGA以及其他研究中报道过的胃、食道和结直肠癌中涉及到的突变基因）

01 样本信息

① 患者信息：2,980名年龄在50岁及以上的中国患者

② 时间跨度：2004年到2015年

③ 取样区域：多个胃区域（幽门、胃体、贲门）

Fig1 研究设计

02 单细胞空间组学在文章的应用

单细胞测序：首先通过对10名非癌症受试者的scRNA-seq，鉴定出4个主要细胞系，包括胃细胞群、肠道细胞群、免疫细胞群以及基质细胞群。以胃和肠谱系为重点，进行亚群注释，确定2种胃细胞及4种肠细胞。通过细胞比例分析发现，肠道细胞、胃细胞的比例减少与IM严重程度相关。SOX9（bulk转录组数据中发现基因表达增高）在特定的细胞类型中（胃LYZ+细胞、肠道干细胞）中高表达。

Fig2 单细胞测序数据分析

GeoMx DSP：选用GC患者的组织切片（n=8）进行DSP检测，并结合scRNA-seq数据确定细胞类型的空间分布，将每个IM区域标记为“干细胞显性”或“肠细胞显性”。通过富集分析发现，干细胞显性IM区域过表达氧化磷酸化基因集，并且这些基因集也在GC区域显著表达。通过将肠干细胞和肠细胞的标记物进行分层聚类，发现干细胞显性IMs与GC聚为一类，说明干细胞显性IM表现出与恶性细胞群相似的表达特征。而肠细胞主导型IMs与GC具有明显异质性，表明即使在同一受试者中IM也表现出显著异质性。