新鲜组织样本SBC空间多组学研究解决方案——总有一款适合您！

新鲜冷冻样本（FF）是多组学研究中常用的样本类型。与FFPE样本相比，新鲜冷冻样本通过快速冷冻可以更好地保存组织的原始状态，包括细胞形态、空间结构和分子组成等，具有更完整的RNA和蛋白质，能够提高测序和分析的准确性。

SBC为您提供了多种新鲜冷冻样本的空间多组学研究方案：NanoString CosMx™ Spatial Molecular Imaging（SMI）、NanoString GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP)、10x Genomics Visium（FF）、10x Genomics Visium CytAssist、Visium HD、SBC深度空间蛋白质组激光捕获显微切割技术（LCM），从RNA到蛋白，从低分辨率到高分辨率，总有一款适合您的研究！下面来一起看一看这些方案的介绍吧。

PART.01 NanoString CosMxTM Spatial Molecular Imaging（SMI）

推荐指数 ☆☆☆☆☆  

CosMx™ SMI单细胞空间原位分子成像平台，结合了超高分辨率成像技术和多靶标检测能力，能够在单细胞及亚细胞分辨率下对超多靶标（RNA和蛋白）的空间原位信息进行可视化和定量分析。CosMx™ SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理，可对新鲜冷冻组织（FF）进行检测。目前常用的panel有人类6000种或1000种RNA及64种蛋白，小鼠神经1000种RNA及68种蛋白等。CosMx™ SMI能在保留靶标基因在组织原位空间信息的基础上，实现更高的基因组覆盖度，支持研究人员透彻解析组织和细胞异质性，深入研究背后的生物学功能，发现重要的生物标志物。

CosMx SMI--无偏的亚细胞分辨率

PART.02 NanoString GeoMx® Digital Spatial Profiler (DSP)

  推荐指数 ☆☆☆☆  

GeoMx® DSP是一种能够检测特定细胞类型全转录组的空间生物学解决方案，  利用形态学marker鉴定不同细胞类型后，通过功能分割在空间上解析组织和细胞群。GeoMx® DSP借助探针原位杂交和抗原-抗体互作的方式来检测人或小鼠新鲜冰冻组织（FF）中原位基因（约1.8w个基因）以及蛋白（最多570种蛋白）的表达，这些探针通过“光可切割子”连接独特的寡核苷酸条形码（DSP barcode），这些条形码在暴露于紫外光下时会释放出来，从而实现基因和蛋白的高通量检测和定量。

GeoMx® DSP通过区域圈选的方式实现指定位置的探索，利用标准IHC方法，将成像试剂（荧光标记的抗体/探针）、定量试剂（DSP条形码标记的抗体/探针）和组织切片进行混合杂交和染色。在DSP完成成像和感兴趣区域（ROI）圈选、DSP条形码释放收集后，利用NGS进行定量分析，最终得到的是不同组织空间区域的表达谱信息。

ROI圈选

PART.03 10xﾠGenomicsﾠVisium（FF）

推荐指数 ☆☆☆  

10xﾠGenomicsﾠVisium空间转录组测序解决方案可检测新鲜冷冻组织样本（FF）中的mRNA，最大的优势在于该产品不受物种限制，可对基因活跃表达的区域进行图谱绘制。Visium空间转录组捕获芯片由4个6.5×6.5 mm捕获点阵组成，每个点阵上包含有55 μm直径，间距100 μm的携带空间Barcodes、UMI和Poly(dT)的探针群，每个spots捕获约10个细胞。在切片、铺片、固定、染色后会直接进行组织透化，3’端带有ployA序列的转录本会进入spots中被带有ployT序列的探针捕获。

 Visium （FF）芯片格式及特点

PART.04 10xﾠGenomics VisiumﾠCytAssist

推荐指数 ☆☆☆  

针对10xﾠGenomicsﾠVisium（FF）的样本质量要求高、样本捕获面积小的问题，10xﾠGenomics推出了全新的VisiumﾠCytAssist空间转录组，能够直接将新鲜冰冻样本上的转录组分析物结合探针从标准的组织学载玻片转移到Visium玻片上，无需进行多次切片贴片及粘附性测试实验，极大的简化了样本的处理。VisiumﾠCytAssist针对人和小鼠设计了1-3对RTL双探针与靶序列杂交，杂交后用各种酶将模板RNA降解后，将探针从细胞透化出来，从而被芯片上的探针捕获。

CytAssist空间转录组设计了两种规格的捕获芯片，分别为大小为6.5×6.5mm以及11×11mm的捕获点阵。每张芯片可同时进行2张组织切片的检测。

VisiumﾠCytAssist芯片格式及特点

PART.05 10xﾠGenomics Visium HD

推荐指数☆☆☆☆  

Visium HD是10x Genomics最新一代升级产品，能够将全转录组空间基因表达的能力与高分辨率相结合。Visium HD采用 2×2µm的正方形作为spots，spots间没有空隙，真正做到了无间隙、全组织覆盖、无偏好性的高分辨率水平，能够发现新鲜冷冻组织样本（FF）组织中微米级的独特生物学见解。VisiumﾠHD基于CytAssist的工作流程，能够实现精准的转录本定位，稳定产出高质量数据，让样本在简单的运行工作流中获得最好的数据。

VisiumﾠHD芯片格式及特点

PART.06 SBC深度空间蛋白质组激光捕获显微切割技术（LCM）

推荐指数☆☆☆☆  

SBC提供了深度空间蛋白质组技术，可进行高灵敏度的空间非靶向蛋白质组检测。该技术使用激光捕获显微切割技术（LCM，Laser capture microdissection，）将新鲜冰冻样本组织切片中的特定目标区域进行切割捕获，然后提取蛋白质，用4D质谱技术（timsTOF Pro）进行蛋白质组检测，4D分离技术增加了第四个维度--离子淌度（mobility），进而大幅度地提高了扫描速度和检测灵敏度，大幅提升蛋白鉴定的数量和覆盖率。SBC的深度空间蛋白质组技术使用质谱技术对蛋白质组进行非靶向检测，摆脱了抗体探针检测技术在物种和检测蛋白数量上的限制，是空间蛋白质组研究的不二利器。

组织包埋经验

对于新鲜组织，建议将预冷好的OCT填充入冷冻模具的底部（可做好标记，以确认组织方向），然后用镊子迅速将冰冻好的组织（新鲜组织浸入已液氮浴预冷的异戊烷中进行冷冻处理，若无此条件也可以新鲜组织直接进行包埋操作）放入，并用OCT覆盖组织，使之完全包埋住。该过程应避免产生气泡。然后立即将冷冻磨具转移到粉末状干冰上。当OCT变得完全不透明，包埋成功。对组织进行修理，去掉多余部分，留下需要的组织块。最后，包埋好的组织块可放在干冰上运输至-80°C进行储存。