单细胞空间转录组研究成功之路——CosMx SMI实验要点提示

单细胞空间数据的质量受多种因素影响，怎么样才能让自己的单细胞空间转录组研究更加顺利？在选择好CosMx SMI平台后，需要注意哪些问题，平台已有哪些可参考的内部经验？本期，小编整理SMI实验过程中需要注意的要点及已经做过的样本情况统计信息，为您将要进行的单细胞空间转录组实验提供参考。

秘诀1：不同组织样本类型，单细胞空间转录组数据表现因样而异

为了了解不同组织和疾病类型中，转录本及基因检出情况差异，对210个组织切片数据进行了统计，这些样本都是用人1k 通用靶标或小鼠1000神经靶标RNA的panel检测而来，如下图所示：平均转录本数量（counts数）（图 1）和每个细胞平均检测到的独特基因数量（图 2）。

从这些整理的数据中得出了两个关键的信息：

1) 根据每个细胞中的转录本和基因来统计RNA信号，发现在组织类型上有很大的差异，不同组织类型高低不同。这可能是组织固有的组织生物学和panel中基因有关。

2) 组织块和切片质量是影响数据质量的主要因素，同一组织类型内，可以看到转录本和基因数量也存在异质性。

因此，在自己的样本检测中，也要客观分析所检测到的样本转录本和基因检出情况，也可以将自己的数据和目前已做样本进行比较验证。

图1. 不同组织和疾病类型中每个细胞的平均转录本数量

图2. 不同组织和疾病类型中每个细胞的平均独特基因数量

秘诀2：做好样品制备，提高检测样本质量

好的组织制备是进行成功的单细胞空间转录组实验，拿到比较理想检测数据的基础。因此，在样本制备过程中，可以参阅《CosMx 载玻片制备手册》和《样品切片技巧和窍门》来获得高质量的样本。

此外，官方总结了各种组织类型，并建议对实验条件进行修改，以优化数据质量。以下表一是对不同组织类型的汇总，所涉及到的组织类型，官方都提供了调整建议，以获得高质量的数据。表二是已测试过的组织类型，有现成的实验条件参考。这些经验建议都为单细胞空间转录组实验的成功开展打下了坚实的基础。

表一

表二

秘诀3：仪器运行条件的设置

仪器运行时间取决于所检测的组织面积（FOV数量）。目前，针对不同的基因检测panel(人6k，人1k，小鼠1k，64蛋白)，最大限度地增大扫描区域，获得最优的基因检出效率，我们已推出多种FOV解决方案，感兴趣的老师可以与当地销售进行详细沟通咨询。

《CosMx 载玻片制备手册》：

https://university.nanostring.com/sample-sectioning-tips-and-tricks-for-cosmx-smi-and-geomx-dsp-experiments

《样品切片技巧和窍门》：

https://university.nanostring.com/cosmx-smi-manual-slide-prep-for-rna-assays