【Giotto系列】Giotto数据结构（下）

Giotto是一种适用于不同空间组学（tecnique-agnostic）数据分析的工具套件。该框架支持处理聚合（细胞-特征计数矩阵）和非聚合的空间数据，其中多边形注释信息与空间表达数据是分开的。

Giotto子对象

Giotto 3.0版本后引入了在Giotto对象及其处理中使用的S4子对象。这些子对象为每个Giotto对象插槽中需要的数据格式和信息提供了更加规范化的定义。这些子对象是独立且可扩展的。

创建子对象

要直接创建子对象，可以使用构造函数：

数据读取

另外，可以使用read相关函数获取原始数据输入的命名嵌套列表，并将它们转换为可由setter相关函数直接使用的子对象列表。

数据访问器

Giotto提供了getter和setter函数，用于手动访问包含在Giotto对象中的信息。注意，setter要求以兼容的S4子对象或列表的形式提供数据。外部数据可以使用上述读取函数读取为适当的格式。默认情况下，getter函数返回S4子对象。

设置空间单位、特征类型及数据来源

spatUnit()、featType()和prov()分别是标记空间单位、特征类型和来源信息的替换函数。

S4子对象的其它用法

空的[]和[]<-操作符被定义为直接访问数据槽的简写。例如：class(spatLocsObj[]) 等同于 class(spatLocsObj@coordinates)