【Giotto系列】Giotto数据结构（上）

Giotto是一种适用于不同空间组学（tecnique-agnostic）数据分析的工具套件。该框架支持处理聚合（细胞-特征计数矩阵）和非聚合的空间数据，其中多边形注释信息与空间表达数据是分开的。

PART.1 Giotto对象结构概览

Giotto的使用主要围绕Giotto对象来进行。Giotto对象是一个保存了空间数据的S4类，通过Giotto方法和函数可以对其进行简化操作。此外，在分析处理过程当中所产生的中间数据，同样保存在该对象中。上图展示了Giotto对象的基本组成。

PART.2 Giotto对象的嵌套结构

空间的数据处理可能发生在多种尺度大小和形态类型上。虽然可以简单地为每一种组合都生成一个新对象，但大多数空间组学方法的数据都是高分辨率且是空间连续的，这就需要一种更灵活的方法，允许在同一对象中共存多个空间单元。因此，在Giotto的嵌套结构中，用户可以自定义新的空间单位（spatial unit），并将特征信息重新聚合到这些单位。

空间单位和特征类型

为了适应这种复杂数据结构，数据信息首先按spat_unit（空间单位），然后按feat_type（特征类型）嵌套在许多Giotto对象的插槽中。这在结构上分离了Giotto框架内的每一组信息，从而使歧义最小化。

在控制台直接返回Giotto对象，可以查看其包含的信息概述：

下图展示了Giotto对象的数据插槽信息及其相关的访问和设置方法：

展示函数

在Giotto中，还提供了show和list函数，用于确定每个插槽及其嵌套中存在哪些信息。show相关的函数会打印插槽内所有数据的预览信息，但不返回任何值；list相关的函数可以返回一组指定插槽内对象名称的向量。

数据来源

有时，在聚合到特定的空间单位时可以使用不同的信息源。Giotto可以追踪到每一组汇总数据的来源信息。