【Giotto系列】软件介绍与下载

PART.1 Giotto工具箱

Giotto工具箱是Giotto软件包的升级版本，提供了处理、分析和可视化各种尺度和多种分辨率的空间多组学数据的工具。它的基本框架可推广到几乎所有当前和新兴的空间组学技术上，例如原位杂交（seqFISH+, merFISH, osmFISH, CosMx）、测序（Slide-seq, Visium, STARmap, Seq-Scope, Stereo-Seq）以及基于成像的多组学技术（CyCIF, MIBI, CODEX）等。这些技术在分辨率（亚细胞、单细胞或多细胞）、空间维度（2D vs 3D）、分子形态（蛋白质、RNA、DNA等）和通量（细胞和分析物的数量）方面有所不同。

PART.2 Giotto下载

Giotto Suite需通过R安装，但是为了使其正常工作，必须安装必需的Python模块。（基于Giotto v 4.0.8）

⏩ R (>=4.0.1)

⏩ Python (>=3.6)

# Necessary for installation from   R

if(!"pak" %in% installed.packages()) {

      install.packages("pak")

}

pak::pkg_install("drieslab/Giotto")

# Install the Giotto Python   Environment

library(Giotto)

installGiottoEnvironment()

Giotto 生态

Giotto工具箱是由多个不同但相互关联的软件包所构成，通过多模块化来拓展软件的功能。

GiottoClass

包含Giotto对象及其子对象类的定义和框架。与数据的读取、基本对象创建、数据访问以及Giotto类相关的泛型函数都可以在这里找到。

GiottoUtils

GiottoUtils所包含的函数与方法主要是为其它模块提供，一般情况下，用户并不需要直接与其进行交互。

GiottoVisuals

该模块主要包含了绘图相关的方法，负责数据统计与可视化。

GiottoData

该模块包含一些辅助函数，可以用于保存和加载Giotto测试数据。用户可以通过其方法来快速测试Giotto工具箱的功能，或通过数据替换来简化一些教程。