使用SBC ToolBox一键展示单细胞marker基因堆叠提琴图

单细胞marker基因的小提琴图大多数情况下都会使用鼎鼎大名的Seurat包进行展示，那么你就会得到下面这样一张提琴图。

Seurat默认的多marker基因表达提琴图展示方案是将每个marker基因单独绘图，然后进行叠加排列成为一张多marker基因表达提琴图，这样的处理方法，无法直观的对marker基因的表达在类群中横向比较，也无法在类群中对显著marker纵向对比。

科研人员往往需要的是对多个marker基因的表达进行纵向和横向比较，Seurat的展示方式在基因数量不多的情况可以满足需求，但不尽完美。下图就很好的展示marker基因在横向类群上的表达分布，纵向上展示了类群中marker基因的表达情况。

如何使用SBC ToolBox绘制一张单细胞marker堆叠提琴图（StackedVlnPlot）？

首先需要登录SBC ToolBox云平台：

https://www4.shbiochip.com/V2023/SBCToolBox/ 

找到单细胞+空间转录组定制分析模块，点他，即可进入模块，此模块为VIP专属，这里需要申请VIP才能使用。

此模块是对单细胞和空间转录组分析的一个拓展，主要用于展示单细胞、空间转录组marker基因的细胞类型堆叠提琴图和箱型图，提取基因的表达值及Seurat坐标的提取。

单细胞+空间转录组分析用户界面：

红框为上传单细胞rds文件接口，点击提交分析按钮，右侧蓝色框中会显示单细胞Seurat对象的meta信息，主要展示每个细胞特征信息，包括基因和分子检出统计，分群、细胞类型等信息。

堆叠提琴图展示，侧边栏点开StackedChart选项选择StackedVlnPlot子选项进入堆叠提琴图展示界面，在需要展示的基因框中填写需要展示的基因，提交分析，即可得到一张堆叠提琴图。

同样的方法，切换到StackedBoxPlot子选项，填写需要展示的marker基因，提交分析，即可得到一张精美的堆叠的marker基因箱线图。

点击基因表达提取选项，选择count提取选项，输入目标基因，提交分析，即可获得基因的表达count值，同样的方法也可以获取目标基因的Seurat对象的标准化data值。

点击Seurat坐标提取选项，可以直接提取Seurat对象的UMAP或者t-SNE坐标信息。

SBC ToolBox是您科研路上的好搭档，好帮手，助您在科研道路上乘风破浪，披荆斩棘。