使用SBCToolBox画一张美美的单细胞marker基因热图

 

首先需要登录SBCToolBox云平台https://www4.shbiochip.com/V2023/SBCToolBox/ 找到 marker基因个性化热图模块，点他，就可以进入单细胞marker基因个性化热图模块，此模块为VIP专属，这里需要申请VIP才能进入个性化热图展示。

 

 

进入单细胞个性化热图模块后你看到的界面是这个样子的：

 

 

此模块主要分为四个功能区域：

1.数据输入区域：

1.1单细胞的rds文件，这里默认为SeuratObject保存的rds文件。

1.2单细胞细胞类型及marker基因文件，仅支持 .xlsx格式的表格文件。

2.参数调整区域：主要调整字体大小、色阶、等参数。

3.结果预览区域：展示输出的heatmap预览。

4.结果输出区域：heatmap的尺寸调整及下载保存。

 

 

 

demo数据演示

 

第一步：只需简简单单的把你的数据拖进上传数据框中，稍等片刻，待完成数据上传操作，如下图。

 

 

注意：

1．Maker基因表格，一共两列有表头，第一列为marker基因，第二列为marker基因所属细胞类型：

 

 

2．细胞类型数据与SeuratObject对象meta.data中的注释信息需要一致，这里根据marker基因所属类群情况修改 细胞类型 标识，默认为 seurat_clusters，此标识与SeuratObject中meta.data的表头一致关联 。

 

第二步：点击 提交分析 按钮即可得到一张美美的marker基因热图。

 

 

第三步: 调整heatmap细胞类型bar标题。

默认情况下heatmap展示细胞类型bar标题，这里看不到是因为字体的颜色是白色，与背景色一致，这里只需点击 细胞类型标题颜色 按钮修改颜色即可显现。

 

切换到颜色选择器上选择目标颜色，将字放大，即可得到细胞类型bar标题，这里角度也是可调的。

 

 

第四步：调整色阶对比度。

 

 

将色阶高值由原来的4调整为1，色阶低值由原来的-4调整为-1，结果图如下：

 

 

使用数值增减来调整heatmap色阶变化的对比度，上面例图显示，红色和绿色随着值的修改其颜色的深度达到增强的效果。

 

第五步：heatmap主体自定义色阶。

 

找到色阶调整按钮，点他，每个按钮都是颜色选择器，根据自己的喜好选择选择即可，这里重新选择颜色的结果自动调整如下：

 

 

第六步：修改marker基因字大小及颜色。

 

 

Marker基因的字大小和颜色可根据需求自定义。

 

 

第七步：调整细胞类型位置。

根据细胞类型多少对heatmap细胞类型中的位置做调整。这里的关键在于marker基因细胞类型表格。

 

 

这里只需对第二列细胞类型的顺序根据需求做修改保存表格，重新上传云平台即可得到排序后的heatmap。

 

 

 

SBCToolBox 是您科研路上的好搭档，好帮手，助您在科研道路上披荆斩棘。