您的图片您做主——多样关系图2

  

在之前的文章中，我们已经了对SBC ToolBox绘图云平台上的关系图版块做了一些了解，此次介绍的是新推出的几个关系图绘制工具：UpSet图、词云、弦图和网络图。

 

 

链接：https://www4.shbiochip.com/SBCToolBox/

 

 

 

UpSet图

 

以条形图的形式展示多个基因集的交集大小，解决了维恩图中集合过多无法展示的情况。

 

如何理解UpSet图？我们先来看一下输入文件，文件每列为一个样本（或组别）中鉴定到的基因。下方是一个简单的示例数据。

 

 

使用示例数据可以画出下方左图，图中左下角的条形图是输入数据中每一列包含的基因数，右下角每一列代表一个集合，以第一列为例，Group1、Group2处有黑点，此集合即为这两组基因的交集，上方条形图为交集基因数。

 

 

 

使用相同数据绘制右侧的韦恩图，图中的2、1、1分别和UpSet图上方的条形图对应。

相比韦恩图，UpSet图可以将交集大小按降序排列，且解决了集合数较多时无法绘制韦恩图的问题。

 

 

词云

 

展示文本出现频率，频率越高字体越大。

 

词云的输入数据为一列文本和一列数值（即频率），数值越高则对应文本在生成图片中的字体越大。

 

 

 

 

弦图

 

元素之间以线连接，体现互作关系。

 

上图中展示了基因与样本间的关系，输入表格中列为样本，行为基因，数值对应了弦落在圆形两边的宽度。

 

 

 

 

网络图

 

展示点与点之间的互作关系。

 

网络图的画图数据每行为一个互作关系对，前两列为一条线两端的基因，第三列为互作关系强度。

 

 

如果想要体现基因类型，可以上传类型文件和配色文件。类型文件包含了基因及其类型，配色文件为各类型对应的颜色。示例文件将基因按照上下调区分，上调基因点的颜色设置为红色，下调为蓝色。

 

类型文件

（仅展示前7行）

 

配色文件

 

上传上述文件后生成以下图片：

 

在“参数调整设置”中，可以对图片进行多种调整，例如是否展示图例、基因名，线的颜色和宽度，网络图展示类型等。默认展示类型为圆圈展示，将其改为散布展示，效果如下：

 

 

关于关系图绘制工具的介绍就到这里。SBC ToolBox在线绘图工具拥有条形图、线图、点图、热图、富集分析等多类图片绘制功能，注册后即可免费绘制各种自定义图片，快来看看吧。