组织芯片+CosMx™ SMI（最多原位检测6000个RNA）让高性价比单细胞水平空间组学研究唾手可得
空间多组学的发展日新月异，为了挖掘具有统计学意义的生物学新发现，对样品数量和检测靶标数都提出了更高的要求。为此，能够在一张玻片上同时分析几十、上百个样本的组织芯片和能够最多原位检测6000个RNA的CosMx™ SMI技术平台联合使用，能在一次实验中把不同表型及其转录组/蛋白质组关联分析，为空间细胞图谱绘制、生物标志物挖掘等方向的研究开辟全新道路。
PART ONE
CosMx™ SMI 空间超多靶标原位检测技术
由Nanostring公司自主研发的CosMx™ SMI（Spatial Molecular Imaging）是一个突破性的单细胞空间原位成像平台，以高水平的靶标数、分辨率和细胞数量支持研究人员实现精准透彻的生物学解析。众所周知，真实世界中FFPE样本的RNA和蛋白质往往质量很低、降解严重，因此对其进行分析极具挑战性。CosMx™ SMI系统具有简单的样本制备流程和稳定的原位杂交化学原理，并能够兼容多种组织类型。CosMx™ SMI目前能够对新鲜冷冻（FF）、福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）等多种组织切片中的RNA/蛋白质进行亚细胞水平的超高分辨率成像。结合图像AI算法精准划分细胞边界，获得“单细胞”空间分子图谱。
CosMx™ SMI实现亚细胞分辨率的RNA/蛋白质检测
机器学习助力细胞识别
PART TWO
CosMx™ Human 6K隆重问世
Nanostring新推出的CosMx™ SMI转录组检测panel——CosMx™ Human 6K，可在一次实验中检测人组织切片里6000多种基因的表达水平，包含生物通路中关键的功能基因。超多靶标的单细胞空间原位表达信息不仅可以实现精细的细胞分型、绘制单细胞空间图谱、筛选标志物基因、详细展示细胞邻域和组织微环境，同时还支持细胞配受体检测，在真实的组织空间背景下推进您对细胞通讯和细胞状态的深刻洞察。
CosMx™ Human 6K panel在重要生物学通路中的基因覆盖率
PART THREE
CosMx™ SMI +TMA 空间研究新思路
组织芯片（Tissue Microarray，TMA）是一种新型的高通量、多样本的研究工具。它将数十个甚至上千个不同个体的组织标本集成在一张固相载体上，为医学分子生物学提供了一种高通量、大样本以及快速的分子水平的分析工具。研究者一次可有效利用成百上千份自然或疾病状态下的组织标本来研究基因/蛋白质表达与疾病表型之间的相关性，对于疾病的分子诊断，预后指标和治疗靶点的定位，抗体和药物的筛选等方面均有十分重要的实用价值。
TMA样品排列示意图
传统研究中，TMA多用于免疫组化、原位杂交、免疫荧光和原位PCR等验证实验中，存在局限性：1.检测靶标过少，无法进行组学研究；2.无法同时获得多种细胞类型的空间位置信息。因此，将传统的TMA与新推出的原位检测技术CosMx™ SMI相结合，可在一张切片上同时展示不同病理、不同组织部位中细胞分布特征和转录组/蛋白质组表达模式，样品通量高、实验误差小，减少大量玻片的制备工作，方便实惠。
TMA+CosMx™ SMI的优势
PART FOUR
文献案例
小编总结了几篇使用了TMA进行空间组学分析的参考文献，帮助各位老师更好地理解TMA和空间组学检测技术的应用方向。
案例一：空间转录组揭示弥漫性大B细胞淋巴瘤中巨噬细胞的异质性和预后意义
本研究利用空间转录组技术对反应性淋巴组织（RLT）和弥漫性大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的不同空间生态位中的巨噬细胞进行了表征，揭示了 RLT（亮区/暗区、生发中心/滤泡间）内巨噬细胞之间以及疾病状态（RLT/DLBCL）之间的转录组差异，从而发现了六个空间巨噬细胞特征信号（MacroSigs）。结合DLBCL的多队列转录组数据集，发现特定的 MacroSig 与 DLBCL 的细胞源亚型和总体生存率相关。本文空间转录组研究在两张TMA上检测了24个RLT和64个DLBCL患者组织中巨噬细胞、T细胞和B细胞的基因表达情况，体现了TMA样品通量大的特点。
案例二：鉴定导管内乳头状粘液性肿瘤恶性转化的空间标志物
本研究利用两种不同的空间转录组技术评估并确认两个独立患者队列的导管内乳头状粘液性肿瘤（IPMN）亚型特异性的基因标志物，将 HOXB3 和 ZNF117 鉴定为低度不典型增生的标志物，在边缘病例中鉴定到SPDEF和胃颈细胞标志物，以及在高度不典型增生胃 IPMN 中鉴定到NKX6-2和胃峡部细胞标记物，强调了 TNFα和 MYC 激活在IPMN 进展以及 NKX6-2在特定胃 IPMN 进展中的作用。本文空间转录组研究在6张TMA上进行，共包含了两个患者队列，一个包括14名IPMN患者共18个组织样本，一个包括40名IPMN患者的57个样品组织。
SBC已设计出
适合CosMx SMI检测平台使用的
多种TMA规格
能在15mm × 20mm扫描区域范围内
根据老师需求放置尽可能多的样本点
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