不纠结！6个步骤让你快速上手DSP空间组学研究
想要在时下最热的空间组学领域中取得丰硕的研究成果，自然少不了前沿技术平台的运用。而GeoMx® DSP空间组学技术平台就是这样一个表现突出的空间组学研究利器，参与的研究可谓“高分频出，成果瞩目”。
面对GeoMx® DSP不知从何入手？不妨通过6个步骤快速上手，开展属于你自己的空间组学研究。
如果你还不了解什么是DSP，不妨先阅读DSP空间多组学技术Q&A大揭秘再阅读本篇文章。
1、你在研究组织的哪个区域，为什么？
在确定要研究的疾病区域和组织类型之后，就可以思考：要研究组织的哪个区域以及为什么研究这个区域？我们可以把这个过程称之为“定义空间问题”。
可以用4个问题来引导你定义空间问题：
1. 是否有一个特定的假设，或者只是在寻找组织的异质性并发现新的生物学现象?
2. 是要在每个样本上对相同的组织区域进行采样，并将不同的样本进行比较（如正常组织和患病组织），还是要在一个样本中对不同区域的组织或细胞群体进行比较?
3. 有没有什么细胞类型是你特别感兴趣的，如果有，你想描述这些细胞在组织不同区域的分布特征及基因表达特征吗?
4. 组织内是否有一个关键特征，如肿瘤浸润边缘、淀粉样斑块或神经原纤维缠结，你想用它作为测量表达的组织标签么？
例：CD45+免疫细胞在乳腺癌中肿瘤和肿瘤微环境的不同区室中的基因或蛋白表达，特别是在肿瘤核心、沿肿瘤边缘和邻近基质中，是如何不同的？
2、转录组还是蛋白质组？
定义空间问题之后，需要决定分析RNA还是蛋白质，亦或是都分析。DSP可以单独分析RNA或蛋白质，也可以同时分析单个样品中的RNA和蛋白质。
例：分析人类结直肠癌FFPE组织切片中的RNA。
3、选择适合的形态学marker
DSP工作流程的第一步是用荧光标记的抗体或探针对组织进行染色，以便对组织进行成像并更好地了解组织形态。由于组织成像后，需要根据荧光染色选择要分析的感兴趣区域（ROI），因此选择适合的形态学marker十分重要。
一个典型的DSP实验最多使用四种形态学marker：一种通常是DNA核染（典型的是SYTO 13)，另外三种可以通过实验定义。几个商业上可用的形态学marker试剂盒适用于人类或小鼠组织的肿瘤学或神经科学研究。
例：使用含有CD45、PanCK和SYTO13的实体瘤形态学marker试剂盒进行形态学标记染色。
PanCK可作为区分结肠腺瘤的标志物。结肠腺瘤细胞和周围微环境分别通过PanCK+和PanCK-片段富集。
4、确定ROI圈选策略
选定适合的形态学marker后，需要考虑你想要选择组织或细胞类型的哪个区域进行表达谱分析。DSP支持5种圈选策略：几何圈选、细胞亚型圈选、等高线圈选、网格分析圈选以及稀有细胞圈选。
建议每种类型至少有6个ROI，除了便于进行有意义的统计分析外，还可以防止在随后的处理步骤中，即使丢失了来自一对ROI的分析探针，实验仍能输出有意义的结果。
为了最大限度地提高灵敏度并实现高级数据分析应用，如不同免疫细胞类型的空间反卷积，需要确保每个ROI至少有100个细胞用于分析RNA，至少有50个细胞用于分析蛋白质。
例：分别在肿瘤内、浸润边缘和间质处采用几何圈选CD45+作为ROI。
5、提前想好如何处理产出的数据
想要研究顺利开展，必须事先对“将进行哪些具体的比较来评估差异表达”有一定的设想。换句话说，就是哪组ROI将相互比较。重要的是要考虑比较具有近似相同面积的ROI组，具有相似的组织类型和所表示的细胞数量。通过了解将进行哪些具体的数据比较，可以在为任何给定研究准备实验设计时尽量减少引入技术误差。
6、开始进行预实验
确定ROI位置后，可以开始设计一个预实验来摸索实验条件，为后续实验顺利开展打下基础。
如果你对上述1-5个步骤所涉及到的问题，都已经十分明确，想要进一步评估自己的研究是否适合利用DSP开展，亦或是还有其他疑虑，也欢迎随时联系我们进行咨询。在空间组学方面，SBC搭建了10x Visium Cytassist、GeoMx® DSP、CosMx™ SMI以及LCM+timsTOF Pro平台，打造空间生物学全链条创新多组学平台及解决方案，助力科学发现。
