SBC ToolBox 您科研路上的数据分析好伙伴-单细胞抖动图

 

 

使用SBC ToolBox 单细胞抖动图模块美化你的单细胞差异marker基因。

 

 

登录scRNA Jitter 模块的两种方式

 

a)  直接登录：

https://www4.shbiochip.com/V2023/SCTP/scvl/

 

b)  导航页面登录：

登录SBC ToolBox 点击侧边栏点图组件，进入 scRNA Jitter 模块。

 

 

c) 单细胞抖动图主要功能区域介绍：

i.  数据输入接口：上传数据至此，只支持 .xlsx格式文件。

ii. 参数细节调整：调整可视化结果。

iii. 结果预览展示区域：输出结果可在此区域预览。

 

 

 

上传数据

 

a)下载demo数据，详见主界面操作指南页面。

 

 

b) 了解数据。

i. 输入文件格式：.xlsx ，可以使用Excel进行保存打开。

ii. 数据为差异基因表格整合而成，一共三列：

1. 第一列：GeneSymbol，基因的缩写，可以用于标记基因。

2. 第二列：log2FC，差异倍数取对数。

3. 第三列：Cluster信息，marker基因归属于哪一个Cluster。

 

 

 

上手实操

 

a) 小试牛刀，下载demo数据，上传提交进行简单操作。

 

 

默认输出结果预览如下：

 

 

b)参数调整

 

i. 调整上下调色阶，默认上调颜色为：#DC143C ，下调颜色：#1E90FF。点击上下调颜色控制按钮，选择中意颜色，进行上下调色彩调整。这里将下调调整为墨绿色调整操作如下：

 

 

上调操作模式与下调颜色调整操作一致。

 

ii.调整Jitter Plot点的大小及透明度。

调整以下两个功能按钮

 

 

操作如下：

 

 

iii. 可视化结果标记基因及参数调整1. 打开上传文件，选择目标基因，将基因复制粘贴至基因标记文本框中，注意基因必须在提交的表格里，否则无法标记展示：

 

 

2. 结果预览：

 

黄色字体为添加到展示结果中的目标基因。

 

3. 操作如下：

 

 

iv. 主题调整，提供 Dark 、Classic、 Bw、 Void 四种ggplot2经典主题，下拉菜单即可进行调整：

 

 

1. 暗黑模式结果：

 

 

2. 操作如下：

 

 

v. Bar 调整，调整bar的高度，bar中字体的大小及色彩，主要调整bar颜色、bar字大小、bar高度三个功能键。

 

 

操作如下：

 

 

调整bar的展示顺序，主要调整Cluster顺序进行调整。

 

 

 

vi. 坐标轴添加名称，直接在x轴名字和y轴名字进行编辑修改：

 

 

操作如下：

 

 

vii. 图例开关操作如下，主要用来展示、隐藏图例信息：

 

 

viii. 坐标轴旋转，操作如下：

 

 

ix. 保存结果，默认为.pdf格式结果。可使用SBCToolBox  pdf2png模块对pdf结果转换为png格式文件。

 

 

c) 扩展：多个两两比较结果，保留GeneSymbol、FC、及比较信息列按行合并，整理成输入数据格式，提交分析即可进行多组两两比较的JitterPlot展示。