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网站首页  ꄲ  技术文章  ꄲ  想知道单细胞测序高明的解决方式都有哪些么?

新闻中心   News Senter

想知道单细胞测序高明的解决方式都有哪些么?

 

随着单细胞测序越来越火,您是否也对单细胞测序心动呢?然而在考虑做单细胞测序的时候,您是否会有一些困惑呢?SBC在此为您答疑解惑,希望可以解决您在考虑做单细胞测序方面遇到的困扰:

 

 

>>> 01 About单细胞基因表达产品

 

Q1:Chromium单细胞基因表达能够实现哪种分析?

 

A:它提供了一种全面的方法,来分析基因表达(转录组或靶向),以及细胞表面蛋白或CRISPR编辑对复杂生物学的多维见解。

 

 

Q2:哪些类型的样本可进行单细胞基因表达的研究?

 

A:Chromium单细胞基因表达与新鲜/冻存细胞、新鲜/冻存组织和外周血PBMC细胞样本兼容。兼容的物种包括人、小鼠、大鼠、模式生物以及植物。

 

 

Q2:如何分析单细胞数据?

 

A:10x 官方提供两种类型的软件可帮助您分析数据:Cell Ranger和Loupe Browser。Cell Ranger这款分析软件能够自动生成每个细胞的表达谱,并鉴定表达谱相似的细胞簇。随后,您可以利用Loupe Browser可视化软件来交互式地探索实验结果。Cell Ranger和Loupe Browser软件的都可在官方进行免费下载。下游的数据挖掘分析可以通过Seurat等软件进行。

 

 

Q3:细胞大小是否存在限制?

 

A:细胞最大不超过40μm ,但是无下限。

 

 

 

>>> 02 About单细胞免疫组库产品

 

 

Q1:Chromium单细胞免疫组库能够实现哪些分析?

 

A:该解决方案能够对来自单个细胞的多个类型的数据进行模块化整合,包括基于mRNA的转录组或靶向基因表达、免疫分型、适应性免疫组库的克隆性和多样性,以及抗原特异性。这种多组学的细胞鉴定方法有助于通过一次实验破译单个细胞的免疫状态。

 

 

Q2:与哪些类型的样本兼容?

 

A:Chromium单细胞免疫分析与新鲜或冻存的单细胞悬液兼容。典型的样本包括PBMC、肿瘤浸润淋巴细胞、脾脏、骨髓细胞及其他组织类型。兼容的物种包括人和小鼠。

 

Q3:可以得到全长的可变区吗?

 

A:Chromium单细胞免疫分析解决方案利用针对Ig和TCR基因恒定区的基因特异性扩增引物来富集和测序整个V(D)J基因片段。

 

 

Q4:是否可以对免疫球蛋白进行分型?

 

A:可以,免疫球蛋白的重链序列可分为IgA、IgD、IgE、IgM和IgG。

 

 

 

>>> 03 About单细胞ATAC产品

 

 

Q1:单细胞ATAC-seq(scATAC-seq)能够实现哪种分析?

 

A:它能够以单细胞分辨率分析开放染色质图谱。

 

 

Q2:scATAC-seq数据与scRNA-seq数据是否可以结合起来分析?

 

A:可以,需要使用第三方工具。

 

 

Q3:与哪些类型的样品兼容?

 

A:需要以细胞核悬液作为起始。您可以从新鲜和冻存细胞、新鲜组织和冷冻组织中获得高质量的细胞核悬液。此分析已针对人类和小鼠样品进行优化,也可能适用于其他物种。

 

 

Q4:单细胞ATAC-seq的灵敏度低于bulk细胞ATAC-seq吗?

 

A:来自细胞系的bulk细胞ATAC-seq和单细胞ATAC-seq的比较结果表明,单细胞ATAC-seq回收的峰占bulk细胞ATAC-seq的90%以上。单细胞ATAC-seq还具有从特定细胞类型的水平查看染色质图谱的分辨率。

 

 

Q5:ATAC-seq与ChIP-seq等其他表观遗传方法相比如何?

 

A:ATAC-seq能够捕获所有的开放染色质区域,而不仅仅是那些与特定因子结合的区域。这是一种无偏的方法,能够寻找样本内的表观遗传变化。对于具有已知序列结合基序的蛋白质,附带的软件可以逐个细胞地识别在开放染色质中富集的那些基序。

 

 

注:以上产品图片和FAQ来源于10X官网,如您还有其他问题,欢迎垂询!

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