【招募】FFPE样本空间转录组招募合作课题

FFPE样本空间转录组合作课题招募，申请者自主提出科学问题，负责相关试验费用，本公司免费提供FFPE样本空间转录组测序实验平台及数据分析的技术支持。合作成果第一单位（通讯作者）归属申请者及其所在单位，其他作者按照各自的贡献由双方协商决定。（限48个样本）

FFPE空间转录组结合了组织学技术的优点和FFPE样品高通量测序技术，在人和小鼠的FFPE样品中，可以在高分辨率水平对整个组织切片超过18000个基因表达进行分析。通过对FFPE组织样本的转录组测序分析，可以检测任意通路中的任何基因、解决组织异质性并揭示形态学背景下空间组织的细胞类型和状态。此外，通过与免疫荧光技术（IF）相结合，可在同一时间可视化蛋白和基因的表达信息。

从FFPE样品中获得形态学背景下高分辨率的基因表达信息

实验流程

首先将FFPE组织切片放置在Visium基因表达芯片上，进行组织学成像（形态学背景的H&E染色或使用IF技术对蛋白共检测）。然后，用RTL探针集在组织中靶向杂交和连接，并用RNase酶处理和透化，与芯片上的捕获探针结合延伸。最后，进行建库测序和数据分析及可视化。

独特的RTL探针设计

Visium for FFPE阵列利用RNA模板连接技术（RTL），首先针对编码蛋白转录组基因设计特异性探针对，然后将探针对与组织内的靶标基因进行杂交，杂交后探针对互相连接。随后进行组织透化来释放组织中已连接在一起的探针对，并与芯片上的捕获探针结合，从而捕获到基因的表达信息。

针对整个FFPE组织切片测序分析的工作流程。A.实验流程概述。B. RTL探针集捕获转录组原理

 FFPE空间转录组技术优势

使用RNA模板连接(RTL)探针集确保高灵敏度和特异性，获得高可信度的基因检测结果。

重新使用已保存的或生物库中的样品来发现生物标记物，或进行回顾和追踪研究来确认一定时间范围内的生物学过程。

可以研究整个FFPE切片，消除与预定义感兴趣区域相关的分析限制，不会错过重要的生物学信息。

与免疫荧光技术结合可视化蛋白与基因的表达，或结合H&E染色用于形态学研究。

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