打破空间生物学的限制：利用FFPE样品进行空间转录组研究
10x Genomics 空间转录组学自推出以来，主要针对各种新鲜冰冻组织。而现在，大家期待已久的FFPE样品也可以做啦！！！今天，就让小编带您了解利用FFPE样品进行空间转录组学研究的方法吧。
背 景
结合了组织学技术的优点和FFPE样品高通量测序技术，Visium Spatial Gene Expression for FFPE 是对由病理学专家判断为主的传统分析方法的补充。利用该技术，在人和小鼠的FFPE样品中，可以在高分辨率水平对整个组织切片超过18000个基因表达进行分析。通过对FFPE组织样本的转录组测序分析，可以检测任意通路中的任何基因、解决组织异质性并揭示形态学背景下空间组织的细胞类型和状态。此外，通过与免疫荧光技术（IF）相结合，可在同一时间可视化蛋白和基因的表达信息。
Fig.1 从FFPE样品中获得形态学背景下高分辨率的基因表达信息
实验流程
首先将FFPE组织切片放置在Visium基因表达芯片上，进行组织学成像（形态学背景的H&E染色或使用IF技术对蛋白共检测）。然后，用RTL探针集在组织中靶向杂交和连接，并用RNase酶处理和透化，与芯片上的捕获探针结合延伸。最后，进行建库测序和数据分析及可视化。
独特的RTL探针设计
Visium for FFPE阵列利用RNA模板连接技术（RTL），首先针对编码蛋白转录组基因设计特异性探针对，然后将探针对与组织内的靶标基因进行杂交，杂交后探针对互相连接。随后进行组织透化来释放组织中已连接在一起的探针对，并与芯片上的捕获探针结合，从而捕获到基因的表达信息。
Fig.2 针对整个FFPE组织切片测序分析的工作流程。A.实验流程概述。B. RTL探针集捕获转录组原理。
冰冻组织和FFPE组织的Visium空间转录组结果比较
01 两者的结果高度具有很高的相关性，说明两种检测方法具有可比性和高灵敏度。
02 在两种组织的结果中，Hpca 基因都在海马中表达并且与已知的表达模式一致，证明了Visium用于FFPE分析的特异性。
03 取自小鼠脑FFPE样本的连续切片的空间转录组分析结果，在聚类和总UMI数方面都显示出高度的重现性。
Fig.3 FFPE与新鲜冰冻组织结果比较。A.两种组织结果测序饱和度。B.Hpca基因在两种组织的表达模式。C.FFPE连续切片的聚类结果和检测到的总UMI数。
人乳腺导管癌FFPE样品中可检测到大约18000个基因
利用Visium Spatial Gene Expression for FFPE技术，可在人乳腺导管癌原位FFPE样品中探测到大约18000个基因。
Fig.4 覆盖全FFPE组织样品中的全转录组探测结果。A.肿瘤FFPE组织切片 H&E染色图。B. 基因总探测数。C.spot分群结果图。D.乳腺癌关键基因的空间分布和表达水平。
亮 点
01 使用RNA模板连接(RTL)探针集确保高灵敏度和特异性，获得高可信度的基因检测结果。
02 重新使用已保存的或生物库中的样品来发现生物标记物，或进行回顾和追踪研究来确认一定时间范围内的生物学过程。
03 可以研究整个FFPE切片，消除与预定义感兴趣区域相关的分析限制，不会错过重要的生物学信息。
04 与免疫荧光技术结合可视化蛋白与基因的表达，或结合H&E染色用于形态学研究。
预约方式
上海生物芯片有限公司现已开启10x Visium Spatial Gene Expression for FFPE预约通道，首批试剂预计于6月下旬到货，数量有限，先到先得，有意向的老师请联系我司销售或扫码预约登记。
