生物数据工具箱：从入门到精通的数据库攻略（十）| GEPIA3：癌症基因表达分析的一站式利器

在癌症研究中，基因表达数据分析是揭示肿瘤机制、寻找生物标志物和治疗靶点的关键步骤。然而，面对海量的多组学数据，研究人员往往需要整合多个数据库、使用多种分析工具，过程复杂且效率有限。GEPIA3（Gene Expression Profiling Interactive Analysis 3）的出现，为这一挑战提供了高效的解决方案。

什么是GEPIA3？

GEPIA3是GEPIA系列的最新升级版本，由北京大学团队开发，是一个集成了TCGA、GTEx等多源权威数据的在线基因表达分析平台。它涵盖了33种癌症类型的肿瘤组织和正常组织的RNA-seq数据，并采用标准化处理流程确保数据的可比性。GEPIA3不仅提供基因表达差异分析、生存预后分析等基础功能，还新增了药物敏感性分析、网络互作分析、RNA变异分析等高级模块，真正实现了“一站式”癌症基因组学分析。

> 主要优势：

1）数据全面：整合了表达、药物、突变、网络等多个维度的权威组学数据，统一到了同一套标准化流程下。

2）方法多样：差异分析、生存分析、相关性检验、网络构建等常用统计方法一应俱全，满足不同分析需求。

3）可视化直观：提供交互式图表，如表达谱箱线图、生存曲线、网络图等，结果一目了然。

4）免费易用：无需编程基础，通过网页界面即可完成复杂分析，所有功能免费开放。

> 适用场景与人群：

GEPIA3特别适合从事癌症机制研究、生物标志物筛选、临床预后分析和药物靶点发现的研究人员。无论是生物信息学初学者还是临床医生，都可以通过GEPIA3快速探索基因在癌症中的表达模式与临床意义。

核心功能亮点

GEPIA3提供七大功能模块，覆盖从基础表达分析到高级网络构建的全流程：

1）基因卡片：输入基因名即可获得交互式身体图谱，直观展示基因在人体各组织中的表达分布。

2）特征基因：快速筛选差异表达基因、预后相关基因，甚至基于特定药物寻找潜在治疗靶点。

3）表达分析：支持自定义表达谱可视化、基因间相关性分析、PCA降维分析以及热点突变与表达关联分析。

4）生存分析：提供单变量和多变量生存分析，支持总生存期（OS）和无进展生存期（PFS）等指标，可灵活调整分组阈值。

5）药物分析：整合TCGA药物应答数据、细胞系药物筛选数据以及CRISPR筛选数据，揭示基因表达与药物敏感性的关系。

6）网络分析：构建多层次生物网络，包括共表达网络、蛋白质相互作用网络、合成致死/合成存活网络以及eQTL网络。

7）RNA变异分析：深入分析等位基因特异性表达、替代启动子活性以及基因融合事件，揭示RNA层面的调控机制。

操作示例：药物应答分析

以肺腺癌和肺鳞癌的药物应答分析为例：访问GEPIA3官网（https://gepia3.bioinfoliu.com/），选择"Drug Analysis → TCGA Drug Response Analysis"；基因/基因集选择示例基因集“Exhausted T-cell”设置数据集为"LUAD"和“LUSC”，点击"Run"即可。