第六期SBC单细胞及空间转录组测序研究策略与生信分析培训班成功举办

单细胞测序和空间转录组测序技术受到广泛的关注，越来越多高质量文章也在相继发表，上海生物芯片有限公司（生物芯片上海国家工程研究中心）（以下简称SBC）是国内最早一批建立10X Genomics单细胞测序平台及空间转录组测序平台并开展科研技术服务的公司之一。此次由SBC主办的“单细胞及空间转录组测序研究策略与生信分析培训班”在11月4-5日成功举办，吸引了来自高校和医院的三十余位老师前来参加培训课程。

培训正式开始前，上海生物芯片有限公司服务平台部总监张晓娜向学员们介绍SBC的发展历程和技术平台情况，并表示公司（中心）始终关注行业前沿生物技术发展，搭建先进技术平台开展科研项目的同时，肩负着国家工程研究中心的使命和担当，充分发挥技术交流合作的平台作用。衷心希望与生物医药领域的科研工作者们加强紧密合作，提高学术研究水平，实现科研成果转化，助力国家科技发展。

上海生物芯片有限公司服务平台部总监 张晓娜

单细胞测序技术研究及应用

全方位的介绍单细胞测序技术，深入讨论为什么要进行单细胞研究、其发展历程、研究热点、以及对生命科学带来的深远影响。再结合实际应用，为大家详细介绍目前技术成熟、同时也是公司主打的10X Genomics单细胞测序技术，主要讲解单细胞转录组、单细胞免疫组库和单细胞ATAC的技术原理和分析内容。最后再结合单细胞领域高分文章，介绍单细胞测序技术在肿瘤、哮喘、皮肤病等疾病中的应用，并总结单细胞组学经典的研究思路。

SBC服务平台部技术支持 冯学超

空间转录组测序及研究运用

主要围绕着什么是空间转录组学、特点及优势、实验流程、主要运用方向以及对生命科学研究带来的深远影响展开讲述。以空间转录组测序技术在国际一流期刊发表的高分文章为例，介绍其在肿瘤研究等重点领域的应用，并对可视化结果进行详细分析，对比不同实验设计和技术方案的优劣，讲解其在肿瘤研究等重点问题中的应用方式、注意事项和研究思路。最后介绍了SBC推出的单细胞和空间转录组研究“一站式解决方案”，旨在为客户提供专业、便捷、全面的服务。

SBC服务平台部产品经理 蒋敏

单细胞转录组数据分析

介绍R语言及其应用、单细胞转录组测序的实验过程及原理，并对比不同测序方案的优缺点；然后以10X Genomic平台为例，详细讲解单细胞转录组数据分析的方法、流程和主要操作软件，包括单细胞表达定量软件Cell Ranger和可视化自定义软件Loupe Browser；如何通过Cell Ranger软件实现从碱基识别、定量表达矩阵的聚类、可视化和差异分析、数据处理到最终结果可视化分析；以及Loupe Browser在寻找显著基因、探索细胞亚型方面的应用。介绍和比较数据分析软件，最后结合软件的实操，让大家动手学习并探索更多的功能。

SBC服务平台部资深生信分析工程师 曹群发

 
单细胞、空间样本准备及常见问题

介绍单细胞测序和空间转录组测序的实验流程，及样本准备过程中需要注意的事项。包括单细胞测序时细胞的大小、活率等上机要求，空间转录组测序时需要对样本进行的OTC包埋预处理，以及不同的样本预处理方法等等， SBC能够提供的上门服务，帮助大家更方便、专业的对样本进行保存和预处理。

SBC服务平台部实验室经理  庞盼盼

随后，大家在工作人员的带领下参观SBC的实验室，并就实验相关问题和实验室工作人员展开了热切的讨论。

空间转录组测序的基本原理和数据分析介绍

对空间转录组的数据分析方法，从数据的预处理到可视化图形与基因表达相结合，到最终的空间基因表达分析进行了详细介绍。主要涉及到Scanpy软件包在数据处理中的应用、Space Ranger和Seurat的应用。实操Space Ranger在图像处理算法、输出结果的解读、以及最终表达值计算的方法。Seurat则主要讲解分析空间转录组数据、与单细胞数据结合，到最终实现多个切片数据分析。以及利用SingleR、CellAssign等方法进行单细胞注释，单细胞注释数据库的整理和方法的比较等细节处理。通过现场演示，分析如何通过Space Ranger、图形处理、Seurat 空间转录组的数据的分析，实现最终的空间与单细胞数据关联分析多个样本比较分析。

SBC服务平台部资深生信分析工程师 李慧莉