随着基因芯片业务的开展和高通量测序平台的建立，实验中产生了海量数据和信息，对于这些数据的存储、整理和分析依赖于高性能的计算机系统。目前公司（中心）搭建浪潮TS10000高性能运算集群平台，储存能力达到200TB，计算能力超过1.8亿次每秒以上，软件系统采用商业化和自主开发相结合的方式。自主开发的芯片数据分析系统包括表达谱、miRNA、SNP分析、甲基化分析、CNV/CGH，可以根据实验目的选择合适的分析方法进行数据分析。建立了定制芯片流程以及功能注释流程。面向SBC客户的数据在线分析系统（SBC Analysis System，SAS系统），帮助客户进行芯片数据分析，揭示生物学意义。对高通量测序数据，建立了mRNA测序、全转录组测序、small RNA测序、circRNA测序、ChIP-测序、全基因组重测序、外显子测序、目标序列捕获测序等分析Pipeline。10XGenomics单细胞水平的转录组测序、基因组测序、ATAC-测序、免疫组库测序分析Pipeline。
高通量的芯片和测序技术为在全基因组水平上绘制高分辨率的基因组变异、RNA转录、转录因子结合、DNA甲基化、组蛋白修饰等研究提供了前所未有的机遇。公司（中心）根据研究需求建立多种数据挖掘技术方法，包括基于机器学习的Biomarker分析、多组学关联分析、生存及预后分析、时间序列数据分析、WGCNA分析、GSEA分析、基因网络分析、转录因子预测及网络分析、GWAS分析、连锁分析、单倍型分析、肿瘤突变负荷（TMB）分析等。
