我们用数据说话,空间转录组测序数据结果抢先看
空间转录组学研究是很多老师非常感兴趣的一种最新组学研究技术。做完空间转录组测序后,能拿到哪些结果,是不是存在买家秀和卖家秀的差距?本期,生物芯片生物信息团队利用已发表数据的实操分析,为大家展示空间转录组测序数据结果。
我们分析了来自10x Genomics 的Visium技术生成的某肿瘤生物学数据集,SC_S1 、SC_S2两个样本,数据分析结果及展示如下:
1.单样本降维聚类及可视化
空间转录组测序结果是拿到包含空间位置的每个spot的转录信息。因此,根据结果,我们可以对spot为单位的数据进行降维聚类及组织区域分布匹配:
图1 UMAP图(左)和组织学图像(右)
左边是降维聚类展示图,总共分成11个亚群,右边是将11个亚群分布回归到组织块上。
2.特定区域定位展示
根据空间分布特点,选择感兴趣的类群,进行单独着色定位:
图2 不同亚型空间定位图
3.多样本叠加可视化
对来自不同样本的数据,可以将这些结果进行合并展示,本结果为两个组织区域接近样本,合并后的UMAP图如下:
图3:多样本共同可视化UMAP图
左图为不同颜色代表不同样本,右侧为13类不同亚群分类图
4.不同类型cluster细胞类型标记
该部分与常规单细胞转录组测序数据类似,可以根据特征marker基因,对潜在的亚型类型细胞进行标记,如下:
图4 细胞类型分类图
5.多样本并行分布UMAP可视化
对于多个样本,可以进行单独的分布展示,以从全局角度对两个样本进行对比分析,如下图两个不同样本的UMAP图:
图5 多样本并行UMAP图可视化展示
6.同基因不同样本特征分布可视化
有了上述的分布图性,可以对某一个特征marker基因,在不同样本中的表达进行可视化展示:
图6:同个基因在不同样本的表达特征图
7.多样本基因表达提琴图展示
当然,为展示基因在不同样本和不同类型亚群分布情况,可以以提琴图进行展示:
图7:样本marker基因的提琴图
不同颜色代表不同的样本,横坐标为不同亚群,纵坐标为基因表达丰度。
8.多样本基因表达空间分布可视化
当然,UMAP图和提琴图没法充分显示出空间转录组数据的优势,以下在空间组织上进行不同样本基因表达的同步展示,可充分显示出同一个基因在不同样本中的异同点:
图8:多个样本切片,特定marker的空间组织图形
上述空间转录组数据分析结果由生物芯片生物信息团队独立完成。你也想要这么漂亮的数据?赶紧联系我们吧!咨询电话:400-100-2131
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